Naturräumlich gehört die Ortschaft Klausdorf (Ortsteil der Gemeinde Am Mellensee) zur Luckenwalder Heide. Die Luckenwalder Heide ist eingebettet in den Naturraum Mittelbrandenburgische Platten und Niederungen. Als Grundmoränen- und Sandergebiet schließt die Luckenwalder Heide südlich an die Teltowplatte an, begleitet ca. 56 km streifenförmig das südlich gelegene Baruther Urstromtal und geht im Norden in die Nuthe-Notte-Niederung über. Die Landschaft wird von Süden nach Norden von der Nuthe und dem Pfefferfließ durchflossen, die verzweigte Niederungen bilden, in denen auch kleinere Seen und feuchte Senken liegen.
Die Heidelandschaft hebt sich ein wenig aus den Niederungsgebieten heraus und ist stellenweise durch Endmoränenkuppen erhöht. Viele Formen und Sedimente dieser Landschaft sind unmittelbar vom Schmelzwasser des Eises (fluvioglazial) gebildet oder abgelagert worden. So genannte Gletscherbäche lagerten überwiegend sandiges Material in Schwemmkegeln, wie z. B. den Fernneuendorfer Sander ab. Diese Areale bieten lediglich für Kiefern günstige Aufwuchsbedingungen. Auf Flächen, wo etwas Geschiebelehm die sandigen Sedimente unterlagert, ist Ackerbau möglich. Das Klima weist Übergänge vom atlantisch geprägten Klima im Westen zum kontinental geprägten Klima im Osten auf.In Klausdorf und seiner Umgebung sind viele, zum Teil einzigartige, geschützte Biotope und Landschaftsbestandteile mit einer einzigartigen Pflanzenwelt zu finden.
Der größte Teil des Boden-Geo-Pfades Teltow-Fläming verläuft im Bereich des Landschaftsschutzgebietes (LSG) „Baruther Tal/Luckenwalder Heide“. Gleichzeitig ist der Boden-Geo-Pfad Bestandteil des geplanten Naturparks „Baruther Urstromtal“. Zu erwähnen sind Naturdenkmale (ND) wie eine Stieleiche in Klausdorf und das Brutluch, ca. 1,2 km südlich der Dorfaue gelegen.
Teile der Klausdorfer Tongruben sind als Flächennaturdenkmal (FND) ausgewiesen. Hier befinden sich Biotope, die nach §32 Brandenburgisches Naturschutzgesetz (BbgNSchG) geschützt sind. Durch dieses Gesetz sollen besondere gefährdete Arten und typische gefährdete Lebensbereiche in Brandenburg geschützt, erhalten und entwickelt werden.
Außerhalb des Bereiches des Boden-Geo-Pfades befinden sich einige erwähnenswerte Schutzgebiete unterschiedlicher Ausdehnung.Herauszuheben sind insbesondere die FFH-Gebiete Wehrdamm Mellensee/Kl. Wünsdorfer See mit einer Größe von ca. 698 ha. Dieses Gebiet befindet sich östlich von Klausdorf. Etwa 2 km westlich des Neuendorfer Sees liegt das FFH-Gebiet Kummersdorfer Heide/Breiter Steinbusch mit einer Größe von 1045 ha. Erwähnenswert sind der Dünenkomplex von Horstwalde, südlich von Kummersdorf-Gut gelegen, das LSG Notte-Niederung und das NSG Heidehof-Golmberg mit der höchsten Erhebung des Niederen Flämings, dem 178 m hohen Golmberg.Der Naturpark Nuthe-Nieplitz liegt westlich in unmittelbarer Nachbarschaft des künftigen Naturparkes Baruther Urstromtal. Zu den landschaftlichen Höhepunkten gehören der Löwenberg (103 m), die Glauer Berge (90 m), das Wildgehege Glauer Tal mit Dam-, Muffel- und Rotwild, das NSG Pfefferfließ und das Rauhe Luch. Der Versuchsstandort Thyrow der Humboldt-Universität Berlin, an der B101 gelegen, bietet einen interessanten Einblick in die Brandenburger Böden und deren Nutzung.